Dit is de default structure editor in Reaxys. Hieronder staan wat tips. Kijk voor meer tips in de Handleiding.
Werk je liever met Chemdraw? Klik dan op de grijze tab ChemdrawJS!
Structuren uit Chemdraw kopieren in MarvinSketch
Kopieer je structuur in ChemDraw als MOLtxt (selecteer je structuur, ga naar edit, selecteer copy as, kies voor MOL text). Als je in Reaxys voor de ChemdrawJS editor kiest, is kopiëren als MOLtxt niet nodig.
Abbreviated groups (Knop rechts bovenin)
Kies bv. Boc of tBu; niet nodig om de hele groep te tekenen! Rechtsklik Expand om de hele structuur te zien. Op deze website vind je een document met daarin alle 807 abbreviated groups.
Generic groups (knop met de oranje R, rechtsboven)
Zoek op een klasse verbinding (bv. alkoxy of cyclic group)
Generic atoms (knop A, bovenin rechts)
Kies elk (hetero) atoom of metaal
Generic atoms: a (not) list (Symbool periodiek systeem rechts)
Klik Atom list en selecteer de atomen die je generieke atoom mogen zijn. Of: klik NOT list als je atomen uit wil sluiten.
Atom properties (selecteer een atom, rechtsklik)
Voeg bv. een R-groep toe, kies voor absolute stereo of kies het aantal substituenten
Bond properties (selecteer 1 of meerdere bindingen, rechtsklik)
Zo kun je bv. aangeven dat deze binding verbroken of juist gevormd moet worden in de reactie, of aangeven wat voor soort binding(en) het mogen zijn (bv. 'any').
Manual mapping
Selecteer een atoom vóór de pijl en vebindt het met het corresponderende atoom achter de pijl
In Reaxys kun je van editor switchen door bovenaan te kiezen voor ChemdrawJS. Om dit te kunnen gebruiken is géén desktopversie van Chemdraw nodig, wel moet je eenmalig de extensie downloaden. Klik daarvoor allereerst op het pijltje linksboven om de Chemdraw editor te kiezen:
Wanneer je ChemdrawJS in Reaxys selecteert, krijg je de instructies vanzelf te zien:
Kies voor Allow
De volgende notificatie verschijnt:
Klik op het grijze clipboard:
Het volgende scherm verschijnt:
Klik op de link in stap 1 (wellicht moet je Firefox toestemming geven), vervolgens op die in stap 2 en ga terug naar de Reaxys tab om te refreshen (stap 3). De ChemdrawJS editor werkt nu en het clipboard-icoon linksonder is groen geworden.
Een strctuur van Reaxys naar ChemDraw kopieren:
Selecteer de structuur, kopieer het (CTRL C), ga naar ChemDraw, rechtsklik, kies 'plakken speciaal' en kies 'MOL/CDXML text'
Een structuur van ChemDraw naar Reaxys kopieren:
Selecteer je structuur, ga naar 'Edit', dan 'Copy as' en kies MOL text. Ga naar Reaxys en plak de structuur (CTRL V).
Als je hebt gezocht in Documents staat bij de optie 'Export' ook 'Literature Management Systems'. Daar valt Endnote onder. Maar als je hebt gezocht in Substances of Reactions staat deze optie er niet. Dit komt omdat er per hit een heleboel referenties zijn. Afhankelijk van wat je wil, zijn er 2 manieren om toch deze documenten te krijgen:
In praktijk zul je deze opties niet vaak gebruiken. Immers, als je zoekt op een reactie zul je waarschijnlijk het meest geinteresseerd zijn in de reactie condities, en alleen dáár de literatuur over willen.
