PubMed: Tips & Tricks

Houd het doel van je literatuuronderzoek goed voor ogen. Wanneer je heel breed zoekt, heb je kans dat je te veel irrelevante artikelen vindt. Zoek je heel specifiek, dan vind je weliswaar minder artikelen, maar hierbij heb je de kans dat je belangrijke artikelen mist.

Een specifiek artikel kun je snel vinden met:

• het PubMed ID (PMID), bijv. 24660332
• de titel van het artikel

Publicaties van een specifieke auteur vind je met de achternaam gevolgd door de voorletters (max. 2), bijv.:

• Watanabe G
• Rovers MM

Wanneer je aan een uitgebreide search werkt, is het handig om de zoekstrategie bij te houden in een logboek. Dit kan met een NCBI account (Zie tab: Records) of door de zoekstrategie te bewaren in een Word of Excel document. Handig wanneer je de search wilt vertalen naar andere databases zoals Embase of Cochrane.

In PubMed's geavanceerd zoekscherm (Zie tab: Zoektermen combineren) kun je de zoekgeschiedenis downloaden als een .csv bestand. In Excel kun je deze omzetten naar kolommen via de tab Gegevens > Tekst naar kolommen. Kies vervolgens voor gescheiden en komma (csv staat voor comma separated values).

Wanneer je te veel resultaten vindt, zijn er een aantal mogelijkheden om de hoeveelheid resultaten in te perken:

• op recente artikelen met filters
• op studietype, bijv. met Clinical Queries
• door specifieker te zoeken:
  • MeSH
    • zoeken naar artikelen waarin de MeSH term als Major Topic aan bod komt met [Majr] ipv [MeSH]
    • MeSH term inperken met relevante subheading(s)
  • zoekacties op woord
    • zoeken naar titelwoorden met [ti] ipv [tiab]
    • zoektermen vervangen door specifiekere termen

Ook wanneer je te weinig resultaten vindt, zijn er een aantal opties om het aantal (relevante) artikelen te vergroten:

• bij relevante artikelen kijken welke MeSH termen en woorden (in titel en abstract) zijn gebruikt en deze toevoegen aan de zoekstrategie
  • relevante MeSH termen kun je ook vinden door te zoeken op titelwoord AND medline[sb] (Met AND medline[sb] doorzoek je de subset van artikelen met MeSH.)
• de gebruikte MeSH aanvullen met
  • een bredere/overkoepelende MeSH (met no explode)
    Bijv. raw foods[MeSH] OR food[MeSH:noexp] ipv raw foods[MeSH]. De MeSH raw foods bestaat pas sinds 2015. Artikelen van vóór 2015 zijn geïndexeerd met de bredere term food.
  • een relevante MeSH tegenhanger; veel MeSH termen hebben een positieve/negatieve tegenhanger
    Bijv. cervical rib syndrome[MeSH] en cervical rib[MeSH],
    mycobacterium tuberculosis[MeSH] en tuberculosis[MeSH]
• de zoekopdracht verbreden door een (te specifiek) zoekonderdeel weg te laten
• aanvullend zoeken in andere (biomedische) databanken zoals Embase

Weet je niet zeker of er een MeSH bestaat voor je zoekterm?

PubMed is namelijk niet altijd slim genoeg om automatisch de juiste MeSH erbij te zoeken.

Je kunt referenties uit PubMed exporteren naar referentiemanagers zoals EndNote.

In EndNote:

• Open de gewenste EndNote library

In PubMed:

• Selecteer de gewenste referenties (als je niets selecteert, kun je later kiezen voor alle resultaten of alle resultaten op de huidige pagina)
• Klik op Send to > Citation manager
• Geef de gewenste selectie aan en klik op Create File
• Dubbelklik daarna op het gedownloade .nbib bestand. De referenties worden verstuurd naar de openstaande library

Bij PubMed referenties in EndNote zijn de afgekorte en volledige tijdschrifttitels omgewisseld.
Importeer daarom in je lege EndNote library, vóórdat je deze vult, eerst de lijst met correcte tijdschrifttitels.
Deze importeer je via Library > Open Term Lists > Journals Term List. In de tab 'Lists' kies je 'Journals' en 'Import List', en open je pubmed_journals‑beta.txt. Staat deze er niet tussen? Dit bestand kun je downloaden via onderstaande link:

Meer weten over EndNote?